则因为不被该酶识别,测序时仍被识别为C。该技术利用该酶的这种特性,特异性地检测基因组上发生的5hmC修饰。
ACE-seq原理示意如下:
(1)利用β-葡糖基转移酶(βGT)将5hmC加上葡糖基,转变成5ghmC,5ghmC不会被A3A酶脱氨基。
(2)利用A3A酶特异去除C和5mC的氨基,使其转变成U,而5hmC保持为C,从而将5hmC和C/5mC区分开来。
技术优势:
实验策略
信息分析
技术参数
研究案例
开发了ACE-Seq技术并利用ACE-Seq探究小鼠脑部神经细胞5mC及5hmC的特征及作用
Nondestructive, base-resolution sequencing of 5-hydroxymethylcytosine using a DNA deaminase
1、背景:传统的鉴定5hmC的技术需要运用化学试剂进行转化,会破坏基因组DNA,且需要的DNA起始量较大。建立一种非破坏性的、低起始DNA量的鉴定5hmC的技术有助于加快加深5hmC的研究。
2、方法:利用DNA脱氨酶APOBEC3A(A3A)特异性脱去C及5mC的氨基使其转变成U的特性,建立了一种新型的鉴定基因组上的5hmC修饰的技术,并将该技术结合BS-Seq技术,研究了小鼠脑部神经细胞5mC及5hmC的特征及作用。
3、结论:分析了小鼠脑部神经细胞5mC及5hmC在不同基因元件的水平;探究了小鼠脑部神经细胞5mC及5hmC的异质性。探究了5mC及5hmC在小鼠脑部神经细胞中的作用。