生物信息学分析--GEO数据分析
 

       高通量微阵列芯片和第二代测序技术的快速发展，产生大量的基因数据，GEO数据库是美国生物技术信息中心（NCBI）的基因表达的综合库，是全球最大的基因芯片数据库之一。GEO数据库存的定量基因表达数据主要以基因芯片表达数据为主，数据量呈指数增长。GEO数据包含多个物种和细胞系在多种实验条件下的数据，通过挖掘其中的数据能迅速地找到有研究价值的基因。

 

技术路线
 

案例分析
 

乳腺癌的前期预测
       乳腺癌是全球范围内导致女性死亡最广泛的癌症。但人类乳腺癌的分子机理并没有明确报道。本文通过对GEO数据库中大量的乳腺癌基因表达样本进行数据分析。找到了在人类乳腺浸润性导管癌和乳腺导管原位癌愈后最显著的差异基因，并进行组织样本免疫组化检验，确定了分析的正确性。
 

图一、人类乳腺癌测序样本差异表达基因分析

 

参考文献
 

Meng L, Xu Y, Xu C, et al. Biomarker discovery to improve prediction of breast cancer survival: using gene expression profiling, meta-analysis, and tissue validation[J]. Oncotargets & Therapy, 2016, 9:6177-6185.