由美国ABsciex公司生产的6500Qtrap LC/MS/MS系统是4000Qtrap的后续版本，是目前世界上最先进的复合型三重四级杆/线性离子阱质谱之一。该系统是药物的发现和开发，代谢物鉴定，脂组学定性与定量，以及包括翻译后修饰的蛋白发现、蛋白定量和生物标志物验证等蛋白质组学应用的理想选择。

QTRAP 6500 LC-MS/MS

应用范围：

验证发现的蛋白生物标志物，使用特有的MIDAS工作流程，您可对基因组学或蛋白质组学实验中发现的蛋白生物标志物进行高通量的验证和定量。

翻译后修饰的发现，6500Qtrap可以将蛋白质翻译后修饰（PTMs）的高特异性子离子扫描（PI）和中性丢失扫描（NL）与高灵敏度的MS/MS扫描相结合，来测定修饰位点。结合相应的应用软件，可以在单次LC/MS/MS分析中发现蛋白质各种PTM。

脂质组学的定量与定性，可进行高灵敏度的全扫描MS、MS/MS和三级质谱扫描（MS3），以及高选择性的、真正三重四级杆式的母离子扫描（PI）和中性丢失扫描（NL），来进行脂质组学特有的shotgun脂类定性与定量检测。

多反应监测定量（MRM），可以使用高灵敏度的三重四级杆进行蛋白质与代谢小分子的多反应监测（MRM）定量。与其他三重四级杆质谱相比，其MRM灵敏度提高10倍，检测器动态范围增加20倍，高达12000Da/s的扫描速度。可以说6500Qtrap同时兼具了高通量，高灵敏度，高准确度的特性，对与代谢物的定量有极高的灵敏度。

QTRAP仪器原理：

6500基本原理如下图所示，Sciex公司新的设计方案把传统的三重四级杆仪器作了改进，弯曲后的四级杆减少了仪器占用体积，所以我们看到的6500体积明显比4000QTRAP减小，另外一方面，Qjet等传输技术的改进，使得6500的灵敏度比4000QTRAP有数量级的提高。

MRM实验原理：

MRM技术是一种基于已知或假定的反应离子信息，有针对性地选择数据进行质谱信号采集，对符合规则的离子进行信号记录，去除不符合规则离子信号的干扰，通过对数据的统计分析从而获取质谱定量信息的质谱技术。MRM技术是在单反应监测(single reaction monitoring, SRM)技术的基础上演化而来的。通过采集代谢物的特征母离子和碎片离子，结合保留时间信息，利用色谱峰面积来实现对代谢物的定性和定量分析

6500软件操作：

1、质谱方法编辑

设置离子对，Dwelltime，碰撞能量

设置色谱梯度和进样方法

设置质谱电参数和气体参数信息

2、采集方法编辑

设置样品摆放位置，质谱采集方法文件，进样体积等信息

6500数据分析：

采用最新的skyline软件，可以迅速计算出代谢物的峰面积，首先插入代谢物名称，母子离子对分子量和电荷数，保留时间等

可以迅速生成列表

随后可以直接导出代谢物的峰面积和相对定量比值情况