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蛋白质非标记定量技术（Label-free）是近年来重要的质谱定性定量方法，将提取的蛋白酶解之后，利用液质联用技术对肽段进行质谱分析，通过比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。

每条肽段的丰度（量）与其在MS1中的峰面积或信号强度成正比；而不同样品的同一条肽段在色谱上的保留时间（retention time， RT）是致的，因此，可以通过对比MS图谱，再整合到相应蛋白，实现对蛋白质在不同样本中的相对表达水平的定量分析。

Label-free实验流程
提取样品中总蛋白，取出一部分做蛋白浓度测定及SDS-PAGE检测，另取部分进行胰蛋白酶酶解，对酶解肽段除盐之后，对样品进行LC-MS/MS分析及数据分析，如图。

1、iTRAQ、TMT、Label free 实验用的是什么质谱仪，其定量是基于一级质谱还是二级质谱？

iTRAQ、TMT、Label free都属于蛋白组学实验，前二者是属于同位素标记定量蛋白组二者的原理都一样；第三个是非标记定量蛋白组。 三者所用的仪器都差不多，主要有：AB公司 5600 Triple TOF、Thermo 公司Q Exactive； PS: TMT 10标蛋白组只能用thermo公司Q Exactive，不能用AB 5600 做。 Itraq、TMT是基于二级质谱定量，Label free是基于一级质谱定量。

2、蛋白组学是否需要进行重复实验，是采用生物学重复还是技术重复？

Label free蛋白组实验，早期由于质谱的稳定性差异比较大，所以要求必须要做三次技术重复，但随着质谱技术的发展，稳定性逐渐改善后，目前主要是以生物学重复为主（也是三次），如果客户愿意可以考虑既做三次生物学重复，同时也做三次技术重复。
iTRAQ、TMT 蛋白组实验，技术本身没有强制要求必须要做生物学重复，早期做itraq、TMT蛋白组的实验，很多课题组都没设计生物学重复，主要是由于实验成本昂贵！！！ 但是随着技术的发展及成本的下降，目前做itraq、TMT实验，一般建议客户做三次生物学重复。
注：如果实验方案后期设计了大量的验证实验如 WB 或 ELISA 等，可以适当减少重复数，但最好也能保证两次重复；如果不进行重复实验、后期的验证实验也少，在文章发表时可能会受到一些审稿人的质疑，从而影响文章的发表，特别是一些高分杂志，因此对于立志于发表高水平文章的研究人员建议最好进行重复实验设计。

预计34个工作日（仅供参考）

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