Genome Analyzer IIx是当前世界上应用zei为广泛的新一代测序系统，较当前普遍使用的一次只能读取1,000个左右的碱基，且DNA样品需要长时间的制备和分析的测序仪，具有高准确性、高通量、高灵敏度和低运行成本等突出优势。可以同时完成传统基因组学研究以及功能基因组学研究。为目前遗传分析和功能基因组等研究领域提出了全新的应用方案。
Genome Analyzer IIx测序读长为75×2 bp，每次运行数据量达14~18GB。对于4~5Mb的基因组，可确保每个基因组测序量达到400Mb（~100X覆盖），足以满足全基因组de novo测序和SNP鉴定的需要。