Illumina激光共聚焦微珠芯片的基本原理是将直径为5微米的光纤或在玻璃晶片上蚀刻出“小坑”，每个小坑可容纳一个直径为3微米的微珠，每个微珠上可连接约100万个序列相同的核酸片断。不同数量的微珠集结成不同格式的芯片。为了配合这种高密度高通量的芯片系统，Illumina开发出一种全自动的激光共聚焦芯片检测系统(iSCAN)，它配备有532nm和635nm两种激光光源，通过共聚焦扫描达到极高的分辨率（<1微米），通过简单的设定，实验者可方便地一次读出96“张”芯片的信息。

应用于：

GoldenGate定制SNP技术

Infinium全基因组分型芯片（包括人类及动植物）

全基因组表达研究芯片（人、小鼠、大鼠）