Illumina公司的Hiseq2000，Roche公司的454和ABI公司的5500xl，Ion torrent等zei新的测序平台为广大用户提供了强大的下一代测序方法，为目前生物学，医学以及功能基因组学等热门研究领域提出了全新的应用方案。我公司在此领域拥有丰富经验的测序及生物信息学专家，具备丰富的实验设计、测序和生物信息分析经验，能够提供从方案设计到生物信息分析的整体解决方案，专门为广大科研领域的客户提供技术服务。目前公司服务的主要科研领域包括：微生物领域，疾病相关研究，农、林、畜牧及动植物领域的研究。

宏基因组测序服务介绍

第二代测序技术近年来的革命性发展给宏基因组学的发展提供了重要条件。宏基因组研究的对象是整个微生物群落。微生物群落里的众多细菌是共同生长、共同影响的，共同发挥其生理功能，并且与人体具有重要联系，所以比单个细菌研究更能发现其特征以及行使的功能。另一方面，宏基因组研究对于众多不能培养分离单个细菌的菌群提供了研究途径。

一 、技术路线

         因此基于新一代测序的技术路线，我们提供16S rDNA特定区域如V3，V4，或V6区的扩增和Illumina hiseq2000测序和整个基因组测序服务两种技术路线。 

1.16S rDNA 测序

        将过滤后的Illumina paired-end reads 两端重叠区域连接，构成一段完整的16S rRNA的V3，V4，或V6区序列，通过与数据库比对，对其进行物种分类，并且根据聚类距离进行OTU分类，将OTU与物种分类相对应。

   

2.宏基因组测序

    构建插入片段在300-500bp的Illumina insert library并进行2X100的测序，根据测序结果进行一系列的生物信息学分析。

       

 

二、生物信息分析

1.       测序结果的基本处理：

         1.1     基本数据处理：去除低质量Reads情况统计；去除接头序列；宿主污染比例计；

         1.2     与数据库比对：包括人肠道基因集、人肠道Contig集、细菌基因组、真菌基因

     组等数据库

2.       标准信息分析：

        2.1     基于相关的非冗余基因集，并统计每个基因在样品中相对丰度；

        2.2     基于基因的功能注释信息，得到Gene family、COG大类、KO、Map的分表；    

        2.3     基于基因的物种注释信息，得到各个分类级别（科、属）的分类表；

3.       个性化分析：

    视具体课题内容而定。

 

三、 常见问题及解答

1.  能对哪些环境下的样品进行分析？

答：已有文献中各国科学家已经对人肠道、口腔等人相关环境，已经土壤、水等环境样品进行过测序及生物信息学分析。我们公司的生物信息分析员在此领域也具有丰富的实践经验。

 

2. 完成一个样品分析需要多长时间呢？

答：根据您的环境样品的复杂度情况以及您对后期分析的要求，以及所采用的分析路线，一般在20-60个工作日内可完成。

 

3. 需要多少测序量？

答：因为不同环境样品的复杂度情况不同，其物种成分、丰度也各不相同，所以不同样品所需的测序量也不一样。 到时根据已发表文献的类似环境样品的信息，我们会建议您合适的测序量。