一、技术流程

方案一：    将野生型和隐性突变体纯合株进行深度测序，通过对SNP、Indel等变异的分析，结合已经发表的常见SNP的数据，从野生型和突变体中找出非同义突变的SNP、InDel，并对这些变异所在的基因进行注释，可以实现快速、有效、经济的鉴定重要突变体的目的。

方案二：对于已经将突变体和野生型杂交构建了F2群体的材料，可以筛选F2代中具有突变表型的植株20株，提取其基因组DNA，按等量进行混合，进行30X的总体测序深度，将测序结果同野生型的结果进行比对，寻找SNP index接近1的位点，并对所在基因进行注释，这几个位点可能是致突变的SNP。该方法可以导致突变位点纯合位点的富集，非常有利于实现突变位点的鉴定。

二、注意事项

该策略适用于已经完成基因组测序的植物，尤其是水稻、拟南芥等，并且野生型zei好是测序的同一品种，否则需要将野生型深度深度测序。