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在宏基因组研究中主要分为16S测序和混合微生物基因组测序，对于16S测序主要是利用16S rRNA的通用引物进行扩增，利用二代测序的方法进行微生物种群的鉴定，并进行OTU分析。而混合微生物基因组测序方面，采用pair-end测序方式对整个群落中的DNA或DNA和RNA等片段进行测序，能够分析出优势的微生物种类，以及各种微生物所占的比例，以及进行讲解基因的分析。
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