一、甲基化DNA免疫共沉淀测序概述

甲基化DNA 免疫共沉淀测序（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing，MeDIP-Seq）先用5'-甲基胞嘧***抗体富集胞嘧***甲基化的基因组片断，然后对富集的片段进行高通量测序。该方法检测范围覆盖全基因组，所需测序数据量较少，但不能在单碱基分辨率水平上检测DNA胞嘧***甲基化状态。                                  

二、甲基化DNA免疫共沉淀测序技术优势性价比高：只对被富集基因组片段测序，测序数据量降低，数据利用率高；适用于多样品的全基因组DNA表观遗传研究； 检测范围广：在整个基因组范围检测甲基化区域。

三、甲基化DNA免疫共沉淀测序研究内容全基因组不同水平甲基化区域的分布：分析MeDIP-Seq读序在全基因组、不同功能元件区域（CpG岛、重复序列、启动子、非翻译区、外显子、内含子和基因间等）的分布情况。识别序列富集峰（peak）。结果可显示不同样本间DNA甲基化修饰模式的差异。

基于富集峰的基因功能及其调控机制的预测：对于单个样本，分析与peak相关的基因；对于多样本，进行基于peak 的全基因组甲基化差异分析。通过分析差异甲基化区段（DMR），对差异基因进行GO功能富集分析及pathway功能分析；也可结合表达谱数据，预测受甲基化调控的基因。

研究流程示例

四、甲基化DNA免疫共沉淀测序实验技术路线

五、样品要求（基因组DNA） 样品纯度：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间；RNA 应去除干净。样品浓度：zei低浓度不低于50ng/ul。样品总量：每个样品总量不少于10ug。样品溶剂：溶解在H20或TE (pH 8.0)中。样品运输：DNA低温运输（-20℃）；且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。

六、甲基化DNA免疫共沉淀测序数据分析流程

七、MeDIP-Seq数据分析内容展示1. 数据量和数据质量

质量盒图统计 (盒图即是质量分位图，长方形zei下面的边为所有质量值中占25%的质量数值，依此往上分别为占50%，占75%对应的质量值，上下的黑线代表占10%和90%对应的质量值)，蓝色的线表示质量数值的平均值、绿色背景部分代表高质量数值部分、橘色背景部分代表合理质量数值部分、红色背景部分代表低质量数值部分,横坐标为测序Reads 1～100的位置，纵坐标为所有Reads在1~100位置的质量(Q:0~40)分布。

质量盒图统计

2. Peak长度和染色体分布

Peak长度分布

染色体分布

3. 基因和CpG岛关联

基因和CpG岛关联