环境微生物多样性检 测，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究，通过对核糖体RNA高变区域(比如16S/18S/ITS等序列)或功能基因(如古菌的氨氧化基因等)进行 PCR扩增和测序，然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律，对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。

克隆文库分析:       PCR方法扩增特定环境样品中细菌16SrDNA或真菌18SrDNA/ITS，使用TA克隆方法构建克隆文库，挑选阳性克隆测定基因序列，并与GenBank中已知序列进行同源性比较，获得特定环境中的微生物群落结构和多样性信息。
T-RFLP末端限制性酶切片段分析:       PCR方法扩增特定环境样品中细菌16SrDNA或真菌18SrDNA/ITS，采用T-RFLP限制性内切酶对扩增产物进行限制性酶切，利用DNA分析 仪分析末端限制性酶切片段，获得末端限制性酶切片段长度，峰高及面积等信息，PAT数据库分析比对获得特定环境中的微生物群落结构及多样性信息。
DGGE变性梯度凝胶电泳分析:      PCR方法扩增特定环境样品中细菌16SrDNA或真菌18SrDNA/ITS，通过变性梯度凝胶电泳分析环境样品中微生物菌群落结构;将凝胶电泳条带回收后克隆测序，确定微生物种属关系，获得特定样品中的微生物多样性信息。
高通量测序MiSeq分析:      采用第二代高通量测序平台MiSeq，对核糖体RNA高变区域，比如16SrDNA/18SrDNA/ITS等序列，或功能基因，比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序，揭示环境样品中众多不同类型微生物种属关系，获得特定样本中的微生物多样性信息。

    
      DGGE变性梯度凝胶电泳

      变性梯度凝胶电泳是 将DNA置于双重变性条件(温度和变性剂)下进行SDS-PAGE电泳的一种分析方法。当一双链DNA片段通过一变性剂浓度呈梯度增加的凝胶时，此片段迁 移至某一点变性剂浓度恰好相当于此段DNA的低熔点区的Tm值，开始解链，而高熔点区仍为双链。这种局部解链的DNA分子迁移率发生改变，从而达到分离的 效果。

      然而，一旦温度(或 变性剂浓度)达到DNA片段zei高的解链区域熔解温度时，DNA片段会完全解链，成为单链DNA分子，此时它们又能在胶中继续迁移。因此，如果不同DNA片 段的序列差异发生在zei高的解链区域时，这些片段就不能被区分开来。在DNA片段的一端加入一段富含GC的DNA片段(GC夹子:一般30-50个GC碱基 对)，能够保证DNA片段zei高解链区域在GC夹子处，它的高解链温度可以防止DNA片段在DGGE胶中完全解链。

      Tm的改变依赖于DNA序列，加了GC夹子后，DNA片段中基本上每个碱基处的序列差异都能被区分开。因此，理论上DGGE可以检测DNA分子中的任何一种单碱基的替代、移码以及缺失。