用于微生物菌种高通量筛选（high-throughput screening）的装置及相关技术不断发展和成熟 。国外发明了多种全自动高通量筛选系统，可以进行培养基灭菌、倒平板、挑取单菌落、分装发酵培养基、接种、抽提、HPLC（高效液相色谱）分析和数据自动收集处理等过程，即组合成一套连续的自动化系统，实现高效自动化筛选，从而大大提高筛选效率。国际上菌种筛选技术正朝着高通量、微型化、自动化和仪器化方向发展，其中生物反应器微型化是当前发展的重要趋势。如美国马里兰大学、麻省理工学院、德国雷根斯堡大学、英国伦敦大学等都在加紧开发具备高通量特性的微型生物反应器。有些产品已经在不少大型制药公司得到商品化应用,比如Bioscreen C MBR高通量全自动生长曲线分析系统。