Fully automated hybridization-based targeted sequencing sample prep with superior uniformity in 6 hours: A Point-n-Seq® workflow on Opentrons OT-2.

应用领域:分子生物学,蛋白/抗体/蛋白质组,基因/基因组/测序,其他生命科学,合成生物学

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方案摘要

Avida的Point-n-Seq技术是一种新型靶向富集化学技术,它基于一种相互连接的三维结构,专为间接捕获预期的DNA靶点而设计。与传统的杂交捕获化学相比,这种高效的DNA捕获化学具有更高的特异性和更快的结合速度。特别是,这种杂交化学使我们在1小时内实现基于杂交的目标富集,而无需进行DNA输入的PCR扩增。这省去了许多过程步骤,如PCR、纯化、定量等,从而节省了时间并减少了与每个步骤相关的DNA损失。在这里,我们展示了Point-n-Seq靶向测序(TS)样本制备工作流程可以在OT-2上完全自动化。OT-2系统是一个经济实惠的开源液体处理平台,具有支持多种分子生物学工作流程的模块化设置。在OT-2上自动化Point-n-Seq工作流程可以提供一致的性能,大大减少手动操作时间,同时保持检测准确性。在不到6小时内制备了一个测序就绪的目标富集文库,只需10到15分钟的手动操作时间。自动化工作流程已通过各种输入和捕获面板进行测试,包括基因组DNA、FFPE基因组DNA和细胞游离DNA(cfDNA),捕获面板的范围从20 Kb到2 Mb。

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