目前西药研制体系的科学性是建立在明确的分子结构、手性、氨基酸序列等基础上的。其临床实验结果难以动摇的优势的基础，是建立在一个确切的分子结构或形态与靶目标之间明确对应关系。而中药现代化所遇到的最大困难，是中药药性和中医药理均来源于与此完全无法比拟的更高层次的复杂理论体系，所谓的天、地、人、阴阳五行、经络……其复杂程度是西药体系难以想象的，因此试图建立中药与靶点之间的直接对应关系是一项极其艰苦的挑战，往往中医科学研究人员对此产生惊其伟大又望山惊叹的感觉。 在中药制备过程中，药物的有效成分有无变化，药物之间有无相互影响，各单味药的药理作用是相加还是相减，这些都是中医中药现代化必须要考虑的问题。在煎煮过程中，受温度、时间、各药用量、药物的质量、加入次序等因素的影响，各种成分的溶出或成分之间的相互作用，成分含量的增减或新复合物的产生，都有可能发生。这种错综复杂的多因素的影响，所造成的成分复杂性和疗效不确定性，给了许多对伟大的中国文化和中医科学性进行无端的攻击的理由。 传统中药多为复方药剂，从其理论来说，是所有成分对人体产生整体作用，以经络、阴阳调和来改变机体状况，达到其疗效。对于这种复杂的协同作用和各种成分产生的因人而异的有效生理作用，我们会在建立简单的成分药性药效的确定性关系上存在巨大的困难，但作为中医科学的研究人员依然仍不能放弃中药体系实证科学的临床研究的努力。现代药物萃取手段，分析手段和强大的计算机数据处理能力，为中药现代化奠定了必要基础。国家相关管理部门，在资金投入和项目监管上，应建立协同工作系统计划，有一具体的中药现代化整体工作管理目标。