在蛋白质药物产品的质控要求中，肽图分析是其中重要的一环。肽图分析包括对蛋白氨基酸序列进行确证及相关修饰的鉴定和定量。根据蛋白药物质谱分析特点和生物制药应用的特殊需求，Thermo Fisher与Amgen联合开发了PepFinderTM 软件。

　　PepFinder不仅具有最基本的肽段序列确证、覆盖率分析、修饰位点鉴定与定量、二硫键分析、图谱对比和肽段CID/HCD/ETD谱图解析等功能，还具有其独特功能，如未知修饰搜索功能和氨基酸突变搜索功能[1-5]。这两项功能可以帮助分析人员快速发现可能出现的序列突变，从而大大降低出现质量风险的几率。同时，PepFinder还有更多实用的功能设计，如内置CHO细胞系糖型、具有肽段鉴定可信度评价功能，还可根据碎裂方式和能量智能预测多肽的理论碎裂谱图，并用于与实验图谱直观对比，以辅助分析。这些功能不但减少工作强度，也降低了对分析员理解质谱数据深度的要求。对于氨基酸固定修饰设置，不同于其它类似软件(固定修饰只可精确至某一类氨基酸)，在PepFinder中，可以精确到特定的某个氨基酸位点。此功能对于蛋白药的某些特殊分析需求提供了极大的便利。