北京糖基化蛋白质组学——三大基础图形:柱状图、折线图、面积图你学会了吗?

2023-8-24 14:07

大家好!我是BioLadder生物信息在线可视化云平台的工程师小宇,今天北京糖基化蛋白质组学给大家分享怎样用BioLadder画出常见的基础图形:柱状图、折线图、面积图!

如果您反馈问题,报告Bug,提出新的需求,请直接在公众号内发留言给我哦!为感谢您对BioLadder的认可我们还有星爸爸同款收纳包相赠哦!小宇先谢谢大家喽!

1.什么是柱状图、折线图、面积图?

柱形图:用于显示一段时间内的数据变化或显示各项之间的比较情况。在柱形图中,类别型或序数型变量映射到横轴的位置,数值型变量映射到矩形的高度。

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折线图:用于在连续间隔或时间跨度上显示定量数值,常用来显示趋势和关系(与其他折线组合起来)。此外,折线图也能给出某时间段内的整体概览,看看数据在这段时间内的发展情况。 

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面积图:是在折线图的基础之上形成的,它将折线图中的折线与自变量坐标轴之间的区域使用颜色或者纹理填充(填充区域称为“面积”),这样可以更好地突出趋势信息,同时让图表更加美观。跟折线图一样,面积图可显示某时间段内量化数值的变化和发展,常用来显示趋势,而非表示具体数值。

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本文我们就来讨论一下这些基础图形如何绘制。

2.绘图前的数据准备

以柱形图的数据举例:

demo数据可以在

https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/ggplot2/BarPlot/demo.xlsx下载。

数据分为2列,一列为名称,二列为对应的数值。具体的格式可以参考模块内部的demo数据。

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3. BioLadder生信云平台在线绘制柱状图、折线图、面积图

不想写代码?可以用BioLadder生信云平台在线绘制柱状图、折线图、面积图。

柱状图:

https://www.bioladder.cn/web/#/chart/51

折线图:

https://www.bioladder.cn/web/#/chart/54

面积图:

https://www.bioladder.cn/web/#/chart/60

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基本的操作类似,我们以柱形图的操作举例。

3.1 上传文件

点击“选择”按钮上传自己的文件

备注:

点击查看按钮可以查看自己的上传的数据;

点击下载示例,可以下载demo数据;

支持txt,csv,xlsx,xls四种格式;

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3.2 调整参数

3.2.1有参数

根据需求调整参数即可

• 柱子的宽度:可以调节柱形图中柱子的宽度

• 请选择是否标注数字标签:更多选项中还可以调节标注字体的大小

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3.2.2 通用参数

• 坐标轴选项卡:可以调整坐标轴名字,刻度大小,方向,图例位置大小等

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• 颜色选项卡:可以调整图案颜色,以及可以选择画板背景主题。

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3.3 提交查看

上传完数据,并调好参数后,点击右上方“提交”按钮,图像会出现在左侧。如果没有上传自己的数据,会使用默认的demo数据绘图。

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3.4 下载

可以直接点击下载按钮,快捷下载当前所看到的图形。也可以点击更多选项,对图片的宽高,格式等做调整。

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更多选项里,可以手动拖拽调整图片大小,也可以在下方的输入框内直接输入想要的大小,支持下载PNG,PDF,SVG,JPEG,BMP,EPS,TIFF等多种格式。

4.BioLadder生物信息在线分析可视化云平台

网址:https://www.bioladder.cn/

BioLadder目前上线了生物学分析常用的50多个模块,主要包括以下四类:

数据可视化:箱线图,南丁格尔玫瑰图,韦恩图,UpSet图,饼图,词云图,小提琴图,饼图/甜甜圈图,弦图,柱形图等

组学数据分析:序列的多重比对,表达数据的CV曲线图,饼图/甜甜圈图,T-SNE,热图,趋势分析的mFuzz,差异分析的火山图,富集分析的气泡图,修饰位点上下游模体分析的seqLogo,Motif热图等

功能分析:GO弦图,相互作用网络图,富集分析

数据预处理:归一化,补值,FDR校正,长宽表互换等

好了柱状图、折线图、面积图的绘制就到这里了,后续大家想要了解什么内容可以给我们评论反馈,我们会根据大家的意见持续更新。我们欢迎您以任何方式提出您的优化意见,使BioLadder平台成为广大科研工作者的生物信息分析平台!


领域:多组学/蛋白质组/代谢组/脂质组

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