蛋白质的带电性取决于溶液的pH。一般，当溶液pH高于蛋白的等电点（pI）是，蛋白质会带负电荷，结合到带正电荷的阴离子交换填料上。当溶液pH小于蛋白的等电点时，蛋白带正电，结合到带负电的阳离子交换填料上。典型的，当pH高于蛋白的等电点（PI）时，蛋白质会结合到带正电荷的阴离子交换剂上。在等电点以下时，蛋白质会结合到带负电荷的阳离子交换剂上。
根据功能基团离子化状态随pH变化的程度，阴离子和阳离子交换剂又具有了强弱之分。强离子交换剂在广泛的pH范围内有着同样的电荷密度，而弱离子交换剂的电荷密度会随着pH的变化而改变。在不同pH值的情况下，弱离子交换剂的选择性和负载能力是不同的。我们推荐从强离子交换剂开始(比如Q, S,或SP)，如果选择性不能令人满意时再尝试弱离子交换剂。
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