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在上次质谱原理介绍中，为大家介绍了质谱的基本构造和组成，还没看的可以戳链接：打质谱打质谱！你知道质谱究竟为何物吗？当大家对质谱有一定的了解之后，大家可能会有新的问题。其实每一块构造都有很多很多的内容可以展开，但是对于大多数童鞋来说，可能更关注的是该仪器是否能够有效检出我关心的物质，质谱仪器是否够好，够准确稳定。

所以本文我们花篇幅来讲仪器硬件的知识点了，直截了当的告诉大家如何评价一台优秀的质谱，有哪些技术指标可以表征质谱的性能。

一般大家提到质谱时，都会说精确度高不高，分辨率怎么样，扫描速度快不快。其实这几方面的就是平时所说的技术指标，可以反映出质谱仪的优良程度。下面我们就一个一个来看。

分辨率

分辨率（Resolution）即是指质谱仪区分两个质量相近（质量差为∆m）的离子的能力。常见的计算公式R=m/∆m其常见的计算方法有两种，一种是10％谷图，另外一种是50%峰宽(FWHM)，两种方法的定义和概念如下： 

10％谷图：为假设两个相邻的等高峰M1和M2，M2为M1+△M，它们彼此靠近到这样的程度以致相重叠的谷高度为峰高(h)的10%。

50%峰宽：(FWHM) 质量为M的峰与该峰半高度处的峰宽（此处蜂宽不是以长度单位，而是以质量单位来表示）之比。如果从图(2)来看，当两个峰靠得很近，其峰交义处为峰高的一半时，它们相叠加的谷就为峰高，此时两个相邻峰恰好可以区分开，所以是分辨的极端状态。

以下示意图可以表示两种计算方法的直观含义。其实我想说的是分辨率的公式大家了解即可，最重要是我们要知道分辨率参数有什么样的重要作用，对我们的结果有什么样的影响。

那分辨率高有什么作用呢？先看一下下面这种图！

从左到右，分辨依次增大，同一分子量物质，采集的分子量的峰的精细程度也越来越精细，分子量也从平均分子向（一个峰）变成可以区别开来不同同位素形式的单同位素分子量（同位素峰），每个峰之间微小的差异也可以明显区别开来，分子量信息越精细，必然准确度越高。

举个例子，就比如我们观察一个人的脸部特征时，如果一个近视眼的人，不戴眼镜，可能连脸部轮廓都看不清楚，带上之后，可以分清楚眼睛，鼻子，嘴巴。那如果再拿一把放大镜，是不是连脸上的褶子都能清晰的分辨出来。同样道理，分辨率越高，越能把差异的物质分离开来，近似物质的干扰就越少，就会越准确。

所以单从分辨率这方面考虑一般分辨率越高越好。那是否就要设置仪器最高分辨率才能满足检测需求呢？

答案是否定的。因为分辨率设置越高，同时引入另外一个问题，就是扫描所需时间变长。时间变长之后，速度自然就减慢了，速度减慢当然在有限的时间内采集到的信息量就会有所减少。为了避免因为分辨率过高所引发的一些列问题，在设置仪器分辨率时要同时兼顾分辨率和扫描速度，所以从鉴定结果的需要看，并不是最高就一定最好，那就是说适合的才是最好的。一般大规模组学数据， thermo公司的orbitrap系列仪器，一般一级分辨率设置在70000左右，能够精确分辨小数点后两位，这样是否是已经够厉害了。所以对于此设置能很好的兼顾扫描速度和分辨率，所以大可不必担心分辨率的问题。

准确度

准确度(accuracy); ppm (part per million)是指离子测量的准确性。一般用真实值和测量值之间的误差来评价。实值与测量值之间的误差，这个主要取决于质量分析器的性能和分辨率的设置。

为了有直观的感受，我们还是用事实例子来说明，比如400Da的离子，测量值为400.002，两者误差在5ppm,ppm是百万分之一的分子量，5ppm就是表示400Da的百万分之五的误差，是不是非常小的误差呢？

目前对于做组学的常用仪器，AB5600或者是Q exactive 等仪器，质量分析器是TOF或者是orbitrap都可以达到误差10ppm以下的级别。所以大家在质谱鉴定时经常看到一级质量容差设置为20ppm，二级质量容差为0.1Da等，已经是远远大于仪器的误差了，如果在中科新生命做过大规模蛋白质组学的童鞋，可以翻看一下数据，我们肽段实测误差基本都在10ppm以下（是不是很棒呢！）。

灵敏度

灵敏度（nsitivity）：灵敏度的定义为检测器对一定样品量的信号响应值。通俗意义来讲，就是最少样品量的检出程度，一般对于纯的标准物质来讲，灵敏度可以达到fmol级别。这一方面说明其质谱灵敏度很高！

但是大家会问了，那为什么这么高的灵敏度还是检测不到我的目标蛋白质呢？一方面是受限于样品本身，通常大规模样品样品信息量巨大，离子数上万种，在通常数据依赖性模式中，只有信号响应比较高的物质，才可能被检测，大量低峰度由于一级信号过弱，可能二级就没有被采集到，所以结果中就不会呈现出来。另外一方面，质谱检测时，前提条件是需要被离子化的肽段，经过一步步的筛选传输才进行数据采集。对于一些离子化效率很低的离子，由于无法带上电荷在电场中飞行，有可能在离子传输时已经被过滤，所以也无法被最终检测到。

下面我们以orbitrap为例，总结一下orbitrap系列的常规参数。

以上是质谱的一些比较常见的参数，你了解了吗？这就像我们和敌人打仗时的一杆枪，我们要所以各位在做实验之前，也要了解一下，判断一下所用的是你是步枪，冲锋枪还是其他的神马枪。

小编潜入实验室，偷拍了几张仪器图，这只是其中极小部分仪器哦~

工具的好坏当然是至关重要的，但是使用工具的主人也很重要，这就像我们的软实力，是看不到的，只有体验之后才知道，中科新生命绝对是武器精良，实力雄厚的值得选择的合作伙伴，不信，就来试试吧！（小编十分不相信这段是一位资深学术党敲出来的广告，猝不及防~~）

领域：蛋白/抗体/蛋白质组