自1993年流式细胞仪首次运用于活性污泥中微生物群落结构分析以来，该技术逐渐成为空气、土壤、水等环境中微生物学研究中的一项重要工具。Joachimsthal等[1]对新加坡港的压舱水进行了细菌总数、肠道菌数、弧菌数和大肠杆菌数的检测，可以为压舱水的污染状况提供大量信息。 Yamaguchi等[2]使用FCM分别对未污染和污染河水中细菌的呼吸活性和酯酶活性进行了检测，结果发现，菌体酯酶活性对污染状况更敏感，有酯酶活性的细菌比例与河水污染程度呈正相关，可以此作为评估环境水污染的指标。 浮游生物也是造成水质破坏的一大因素，它们常可引起“水花”。所幸，流式细胞仪也可用于浮游生物的检测。2012年，Quan Zhou等[3]利用流式细胞术对太湖湖底沉积物中的微胞藻属菌体计数，并对微胞藻聚集体进行了群落分析，表明流式细胞仪可以高效监测微胞藻属的群落变化，具有高度适用性。