人体内的肠道微生物至少存在1000种细菌，细胞数达到1014个，约占人体微生物量的80%。肠道微生物为人类的代谢过程提供底物、酶和能量，有助于人体营养吸收和代谢作用，同时肠道微生物代谢产生的脂肪酸、胆汁酸、维生素、神经递质等许多重要的代谢物，参与肠道平衡、免疫系统、内分泌调节和神经调节等许多重要的生理过程。菌群结构的改变与肠道炎症、糖尿病、肥胖症、肿瘤、抑郁症等诸多疾病的发生、发展有着重要联系。

16S 扩增子测序：肠道菌群的多样性研究。通过提取粪便或者内容物样品的DNA，扩增16S rDNA目标区域，通过检测目标区域的序列变异和丰度获得肠道微生物多样性及群落组成等信息。

宏蛋白质组学：肠道菌群的功能研究。从蛋白质水平对特定环境下的整个微生物群落的所有蛋白质组成进行大规模分析，而获得微生物的蛋白种类、表达水平、通路富集和注释等信息。

非靶代谢组学：肠道菌群代谢产物的大规模分析。从代谢水平考察肠道微生物在特定时间和条件下的代谢产物组成以及浓度变化。APT具有自主开发的代谢物标准品库，超过2700种代谢物，覆盖氨基酸、核酸、碳循环、有机酸、胆汁酸、维生素等多种肠道菌群-宿主相关代谢产物。标准品库能提供可靠的代谢物鉴定保证。

靶向代谢组学：特定类型的肠道菌群代谢产物进行特异性检测。对感兴趣的肠道微生物的代谢产物如短链脂肪酸、神经递质进行质谱靶向分析检测，所采用技术具有高度的灵敏度、准确性和特异性。

多组学关联分析：整合微生物组与代谢组，进行16S 扩增子测序+代谢组学关联分析，依靠生物信息分析技术，挖掘研究差异菌群与差异代谢物之间的相关性。 

肠道微生物是生物医学界的一大研究热点，APTBIO整合基因组、蛋白质组、代谢组学、多组学等多个平台，从基因水平、蛋白水平、代谢水平、生信分析等多个层次出发对肠道菌群的结构、功能、代谢产物进行研究，认识肠道菌群的代谢特征和生理功能，助力于肠道菌群-代谢物-宿主相互作用机制的深入挖掘。

推荐文献

1. Genome-resolved metaproteomic characterization of preterm infant gut microbiota development reveals species-specific metabolic shifts and variabilities during early life. Microbiome. 2017.

2. Gut Microbiota Profiling: Metabolomics Based Approach to Unravel Compounds Affecting Human Health. Front Microbiol. 2016.

3. Antibiotic-induced shifts in the mouse gut microbiome and metabolome increase susceptibility to Clostridium difficile infection. Nature communications. 2014.