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使用MassARRAY对NSCLC中体细胞突变进行高度敏感的评估

2017.9.28
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chloe

随遇而安

  分析测试百科网讯 近日,Agena Bioscience宣布在PLOS ONE发表了一项比较研究,强调使用其基于质谱平台和新的高度灵敏的iPLEX®HS化学物质检测发生在非小细胞肺癌(NSCLC)EGFR、KRAS、BRAF和NRAS的体细胞突变。

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  肺癌通常使用微创技术进行活检,如薄针状活检和细胞学细胞块,其导致具有最小肿瘤组织的小的异质样品标本。大多数技术如Sanger测序和NGS需要至少20-40%的肿瘤含量来检测低至5%-20%变异等位基因频率(VAF)的突变。因此,由于肿瘤含量不足,使样品不合格。

  该研究证明,使用Agena Bioscience的iPLEX HS Lung Panel测试来自医学基金会的179个存档NSCLC临床标本,具有1%的VAF检测限和仅5-10ng的输入DNA。已经使用Agena Bioscience的OncoFOCUS™v2.0或v3.0面板在MassARRAY系统上测试了EGFR,KRAS,NRAS和BRAF的突变标本,具有5-10%VAF的检测限。鉴于iPLEX HS化学物质的敏感性增加,鉴定到先前未检测到的KRAS,NRAS,BRAF和EGFR的另外17个突变(或9.5%以上的突变)。这些额外的突变主要在核心针活检和细胞学细胞块中检测到。

  iPLEX®HS Lung Panel在MassARRAY系统上运行,使用扩增和单碱基扩增,随后在质谱仪上进行分析。根据样品中的野生型信号,延伸反应中消耗野生型终止子,并将突变信号的量化终止至非常低的等位基因频率,可以实现更高的灵敏度。

  Agena Bioscience科学事务高级总监Darryl Irwin博士说:“iPLEX HS Lung面板的检测限度和DNA输入要求不断增加,成为用于检测肿瘤含量有限的NSCLC标本的理想选择。”

  医学基金会表示,“此外,由于8小时的周转时间和每个样本成本低,我们可以对具有较高检测水平的更多样本进行目标筛选,从而潜在地在早期阶段发现突变。”

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