有机质谱仪：由于应用特点不同又分为：
① 气相色谱-质谱联用仪(GC-MS)。在这类仪器中，由于质谱仪工作原理不同，又有气相色谱-四极质谱仪，气相色谱-飞行时间质谱仪，气相色谱-离子阱质谱仪等。
② 液相色谱-质谱联用仪(LC-MS)。同样，有液相色谱-四器极质谱仪，液相色谱-离子阱质谱仪，液相色谱-飞行时间质谱仪，以及各种各样的液相色谱-质谱-质谱联用仪。
③ 其他有机质谱仪，主要有：
基质辅助激光解吸飞行时间质谱仪(MALDI-TOFMS)
傅立叶变换质谱仪(FT-MS)
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