间接费用分别纳入课题承担单位与课题合作单位财务统一管理，统筹安排使用。课题承担单位与课题合作单位应当按照国家有关规定强化间接费用的管理，制定具体的管理办法。
间接费用中的绩效支出，应当由所在单位遵循公开、公平、公正的原则，在对科研工作进行绩效考核的基础上，结合科研人员实绩，由所在单位根据国家有关规定合理统筹安排，提升科研人员工作绩效水平。绩效支出不超过直接费用扣除设备购置费后的5%（《关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见（中办发[2016]50号》取消了绩效支出比例限制）。
课题承担单位与课题合作单位不得在核定的间接费用以外再以任何名义在课题经费中重复提取、列支相关费用。如无预算列支大量的办公用品支出、水电气暖、汽油费、电话费、餐费等。
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