芯片等电聚焦分离蛋白质的原理与常规毛细管等电聚焦基本相同，都是依据蛋白质的等电点(pI)不同而进行分离。Hofmann等首次将毛细管等应用于蛋白质分析。

Li等在PDMS芯片和聚碳酸酯(PC)芯片上，采用等电聚焦模式分离厂牛血清白蛋白和增强型绿色荧光蛋白(EGFP)。Das等。26 3采用高聚物芯片，在等电聚焦电泳模式下优化了，分离长度及电压条件，最终在长1．9 cm的通道内于1．5 min内分离了绿荧光蛋白和R藻红蛋白，分离电压为500 V。Cui等在PDMS芯片上采用等电聚焦分离模式成功分离了组绿荧光蛋白、异藻青蛋白和藻红蛋白。该作者还报道，通过改变样品和分离介质中添加剂甲基纤维素的浓度，可以改变完成蛋白质分离所需要的通道距离，Tsai等通过采用六甲基二硅氧烷等离子聚合膜修饰玻璃芯片通道的方法抑制蛋白质吸附，在等电聚焦的分离模式下分离了藻青蛋白(pI：4·65)、血红蛋白(pI: 7．0)和细胞色素C(pI：9·6)3种蛋白质混合物，分离在3 min内完成，分离效率为19 600塔板/m。Huang等在进行芯片等电聚焦分离蛋白质时，采用在两性电解质溶液中加入羟甲基纤维素作为添加剂的方法来抑制蛋白质的吸附。