药物中所含有的杂质可分为无机杂质如氯化物、硫酸盐、硫化物、氰化物和重金属等；有机杂质比如有机药物中引入的原料、中间体、副产物、分解物、异构体和残留溶剂等。按杂质的来源可为一般杂质和特殊杂质。一般杂质是指在自然界中分布较广泛，在多种药物的生产或贮藏过程中容易引入的杂质，如酸、碱、水分、氯化物、硫酸盐、铁盐、重金属和砷盐等；特殊杂质是指在该药物的生产和贮藏过程中，根据其性质和一定的生产方法与工艺条件下有可能引入的杂质，如甲丙氨酯要检查氰化物，甲硝唑要检查2-甲基-5-硝基咪唑，因此，药物中可能引入的特殊杂质，要根据药物品种的不同而异。基于物质的对光选择吸收性质，按朗伯-比耳定律进行的分光光度法，其优点为灵敏度较高，仪器较普遍，常用于微量物质的测定。因此，如药物在紫外光区或可见光区无吸收而杂质有吸收，或在杂质吸收峰处药物无吸收，则杂质可被检出，所以分光光度法在杂质限量检查方面，应用日益广泛。
1 目视法直接比较或者用分光光度计测定吸收度
药物中所含杂质与试剂反应后呈现出颜色与定量杂质对照品经同法处理后所呈的颜色，用目视法直接比较或用分光光度计测定吸收度。如维生素K1中检查甲萘醌，具体操作是：取供试品20mg，溶于三甲基戊烷，加氨试液-乙醇（1：1）溶液，如含有甲萘醌，与氰基醋酸乙酯作用，生成化合物而显蓝色。与甲萘醌的三甲基戊烷溶液20ml用同一方法制成的对照溶液检查比较，不得更深。由于杂质检查属于限量检查，目视比色法一般能达到要求，方法又简便，因此，使用较多。也可将供试品处理后使杂质显色，于一定波长处测定，规定其吸收度值，从而控制杂质限量。如氢氯噻嗪中检查芳伯胺，将供试品溶解于两酮，加稀盐酸与亚硝酸钠进行重氮化，加氨基磺酸铵分解去除剩余的亚硝酸后，与二盐酸萘基乙二胺偶合显色，以无水丙酮经同法处理后作为空白，用1cm吸收池，于518±1nm波长处测定，吸收度不得超过010。
2 紫外分光光度法测定
药物中所含杂质在紫外光区有选择吸收者，可用紫外分光光度法测定。如肾上腺素中检查肾上腺酮，后者在310nm波长处有最大吸收，而肾上腺素在此波长无吸收波长处测定，吸收度不得超过005，用以控制肾上腺酮限量。又如吡喹酮在320nm波长处无吸收，而杂质在此波长有一平坦的吸收峰，如杂质吸收度较高时，可影响本品含量偏高，外观色泽微黄。当本品005mg/ml的乙醇溶液，在320nm波长的吸收度小于005时，含量测定结果符合含量限度规定，所以取含量测定项下溶液，检查杂质吸收度，不得超过005。
3 原子吸收分光光度法
利用药物中所含待检元素的原子蒸气，吸收发自光源的该元素的特定波长的辐射能，使原子中的电子波被激发，由较低级跃迁到较高能级，即原子由基态跃迁到激发态。测定基态原子对辐射能的吸收程度，从而求出供试药物中待检元素含量的方法，是为原子吸收分光光度法。或利用原子中被激发的电子由高能级回到低能级时，将多余的能量以光的形式发射出，测定发射光的强度，以求得待检元素含量的方法，称为火焰光度法。原子吸收分光光度法所用仪器为原子吸收分光光度计，它由光源、原子化器、单色器和检测器等部分组成，其中光源和原子化器有别于其它分光光度计，光源通常用待检元素作为阴极的空心阴极灯，原子化器由雾化器及燃烧灯头组成。燃烧火焰由不同类型的气体混合物产生，常用空气-乙炔火焰。仪器某些工作条件如波长、狭缝、光源灯电流、火焰类型、火焰状态的变化等可影响灵敏度和稳定度。关于原子吸收分光光度法的原理、方法和干扰因素等。因此火焰光度法多用于测定药物中所含碱金属和碱土金属杂质，测定所用对照品应为光谱分析纯，所用水为去离子水。用原子吸收分光光度法考察药物中所引进的元素杂质，具有灵敏度高，选择性好等诸多优点。
4 红外分光光度法检查
某些多晶型药物由于其晶型结构不同，某些化学键的键长、键角等发生不同程度的变化，可以导致红外光谱中的某些特征的频率、峰形和强度出现显著差异，因此用红外吸收分光光度法检查药品中低效晶型，其结果可靠，方法简便。如中国药典用本法检查甲苯咪唑中A晶型，方法为取供试品与含10%A晶型的甲苯咪唑对照品各约25mg，分别加液状石蜡研磨均匀，制成厚度约015mm的石蜡糊片，同时制作厚度相同的空白液状石蜡糊片作参比，用红外分光光度法测定并调节供试品与对照品在803cm-1波长处的透光率为90-95%，分别记录620-803cm-1波数范围的红外吸收图谱。在约640和803cm-1波数处的最大吸收峰顶处作垂线使与基线相交，从而得到此二波数处的最大吸收峰的校正吸收值，由于在640cm-1波数处A晶型有强吸收，C晶型的吸收很弱；在662cm-1波数处A晶型的吸收很弱，而C晶型有较强吸收。设含有10%A晶型的甲苯咪唑对照品在640cm-1波数处的校正值为D1，在662cm-1波数处的校正值为D2，其比值R=D1/D2；供试品在640cm-1波数处的校正值为D1‘；在662cm-1波数处的校正值为D2’，其R’=D1‘/ D2’，R’应当小于R，则本品中的A晶型在10%以下。此外，无味氯霉素混悬剂中A晶型也用红外分光光度法检查。
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