与TEM、SEM等分析技术相比，扫描隧道显微镜具有如下特点：
1）STM结构简单。
2）其实验可在多种环境中进行：如大气、超高真空或液体（包括在绝缘液体和电解液中）。
3）工作温度范围较宽，可在mK到1100K范围内变化。这是目前任何一种显微技术都不能同时做到的。
4）分辨率高，扫描隧道显微镜在水平和垂直分辨率可以分别达到0.1nm和0.01nm。因此可直接观察到材料表面的单个原子和原子在材料表面上的三维结构图像。
5）在观测材料表面结构的同时，可得到材料表面的扫描隧道谱（STS），从而可以研究材料表面化学结构和电子状态。
6）不能探测深层信息，无法直接观察绝缘体。
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