（1）回收和浓缩，（2）纯化和分离，以及（3）测定和表征。在大多数情况下水里的微生物浓度很低，因此实际检测需要初始化从水中浓缩或浓缩的步骤。因为病原体的许多浓缩和回收程序也能够在水样中得到其他成分，因此需要进行纯化，将不需要的物质分离。但此时的浓缩样品的体积通常仍然太大，还达不到分析的标准，因此需要额外的浓缩步骤和纯化。
微生物的物理化学性质对于回收也有要影响。比如形状的大小会影响回收的物理方法，如过滤沉淀和浮选。微生物的表面性质，如它们的亲水性，渗透性和化学反应性会影响化学分离。大多数微生物在中性pH下是亲水的和带负电荷的，但是大多数微生物也有疏水性，并且它们具有疏水和亲水结构域。一些微生物具有稳定阶段或形式。一些细菌也具有影响物理化学行为的其他特征，例如外多糖层（胶囊）和附属物，例如鞭毛和皮毛（fimbrae）。在回收和浓缩微生物的方法中，必须考虑这些多种多样的物理和化学性质。
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