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组织切片的细胞核标记目前仍然采用 DAPI(4,6-联脒-2-苯基吲哚,ex 359 nm / em 461 nm),其特点是专一性强、灵敏度高、稳定性好、毒性小,且可被405nm激光器有效地激发,获取明亮的核标记荧光图像。PI(碘化丙啶 ex 536nm / em 617nm)也可以用于核标记,因其可识别 DNA 和 RNA,核染色前须进行适当的RNA 酶处理。TOTO 系列、YOYO 系列荧光染料也可作为组织细胞核荧光染料。