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共聚焦显微镜用激光做光源，光电倍增管做检测器，逐点扫描，对应每个像素其能量比较高；普通荧光显微镜用汞灯作为光源，虽然总功率高，但属于场照明，对应每个像素的能量并没有激光高。
共聚焦利用针孔成像，可以排除焦平面上焦点以外及非焦平面杂散光的影响，因此空间分辨率提高，但因为是每个像素每个像素逐点扫描，采集较慢，一张图并不是同一时间采集的，时间分辨率不高；普通显微镜利用CCD成像，拍照取的是样品的同一时间。
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