荧光表达载体的选择和构建
当对目的蛋白的功能或定位情况了解较少的情况下，可以尝试把荧光蛋白位于目的蛋白的 N 末端或 C 末端。但当目的蛋白上已经存在定位信号或末端存在修饰，需要把荧光蛋白插入到目的蛋白理想的位置，这样可以避免荧光蛋白的插入对蛋白功能或定位产生影响。
由于绿色荧光蛋白存在缺陷，因此 GFP 衍生出许多突变体，使得荧光蛋白变得丰富多彩。因此在设计荧光融合蛋白之前，需要考虑:是否有合适的设备来检测荧光信号? 是否要使用几种不同的荧光蛋白? 荧光融合蛋白是否足够亮? 大部分表达荧光蛋白的克隆载体都已经商业化。其中使用最广泛的商业化的荧光蛋白表达克隆载体，是pEGFP-C1或pEGFP-N1 系列(BD Biosciences Clontech)
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