高纯度氢气发生器连续工作的情况下，易造成机内升温过高、散热条件变差，导致一些元器件烧坏，如光电耦合、数字显示表等损坏。发生故障时要重点检查其中的可控硅、二极管、电容等电子元件，电解液为碱性水溶液，会对管路中的阀件和密封造成损坏。要及时检查电解池和容易腐蚀泄漏的部位，做到发生故障时心中有数。
过滤器和干燥管需要经常拆卸，容易造成连接处螺纹滑扣、密封不严，影响高纯度氢气发生器正常工作。因此在拆卸时要仔细，避免用力过猛，要经常检查水箱、排水管、氢水分离器等部件是否漏水。紧固有关部件，但用力不要太大，避免造成部件出现裂纹。要经常采用压力下降法对氢水分离器、收集器、过滤器等部件的螺纹紧固部分进行漏气检查。
发生器使用中要特别注意每次工作完毕后务必先旋松电源开关旋钮，切断电源，待压力自动降至0，流量显示完全黑屏后，再关掉接线板上的电源开关或拔掉插销；发生器切勿在压力为0时空载运行；不要自行将电解池拆卸打开；加液或加水时液位不要超过上限，也不能低于下限；旋紧高纯度氢气发生器电源开关旋钮，不能漏气。
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