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图像的共定位分析一般经常用散点图表示( scatterplot),这个图将两套数据关联起来。散点图以二维图的形式描述了一幅图或一个感兴趣区域每个像素处一个通道对另一个通道的强度值(见图 3 和图 4)。作图时其中一个通道(通常是绿色)作为 x 轴,而另一个通道(通常是红色)作图时作为 y 轴,在横坐。标和纵坐标上强度范围是 0∼4095. 因此,合成图的每个像素点都有一对强度值。分析每一对强度值产生的分布图案,能够识别荧光团的共定位、区分背景、串色、光漂白等。