在 merge 图像的处理过程中，位移问题可用许多软件包通过 panning 操作恢复原始记录。通过 panning 操作校正一系列不同颜色图的过程中，需要样品上有一个固定的参考点，这个参考点在每一层图上都有。如不存在多标的样品参考点，就将多色的荧光微球稀释后加入样品中，用盖玻片进行封装前，在每个视野中都会有几个珠子。对于一些苛刻的应用，几个带通二色镜和发射滤色片可与不同的激光器或荧光团特定的激发滤色片一起使用。这种滤光镜组的配置一般用在共聚焦显微镜中，当对颜色校正要求苛刻时，也可用于宽场荧光显微镜。
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