在通过软件进行系统配置的情况下，很多成像操作实现了自动化，用户界面得到简化，且对操作员的技能要求降低，全电动显微镜还可使生产力获得全面提高。另外全电动显微镜还提高了不同操作水平操作员之间图像和测量的可重复性。软件的用户访问权限还可设定为需要工程级用户界面的操作者可获得和使用这些功能，而基本用户则使用简化的用户界面。  

全电动系统的其他功能和优点还包括显微镜控制与通信功能的提高，包括观察方法（BF、DF、DIC）、物镜选择、照明条件、以及孔径控制等显微镜功能的控制都得到了提高。通过软件或手动开关实现的这一控制功能的提高，可以为操作员带来很多好处，其中包括：

1、由于在采集图像时软件将会反馈正在使用的是哪个物镜，所以校准获得保证。

2、通过在软件中选择观察方法可简化显微镜配置操作。该功能可将所有显微镜功能根据预设观察条件自动设定。例如：暗场（DF）条件将会设定分光镜塔台为暗场分光镜，将光源亮度调到zui大，将光阑打开到zui大，更换为暗视场物镜，并且甚至可以设定焦点。

3、可通过图像软件（如奥林巴斯Stream™）从所采集的图像中读取和加载显微镜参数。该功能可以让您将系统设定成与采集图像时完全相同的配置参数。

4、由于操作者不用再伸长手进行倍率或成像方法的更改，人体工学获得改善。

5、由于操作者不再需要在样品上方进行物镜或观察方法的更换，样品清洁度获得改善。