一、制备中药化学成分对照品
国内外学者已采用高速逆流色谱技术分离提纯了许多中药化学成分对照品, 如从金银花中分离绿原酸（纯度94.8%）, 从黄芪中分离异黄酮苷（95%），从紫草中分离紫草宁（98.9%），从二氢杨梅素粗提物中纯化二氢杨梅素川(99%), 从虎仗中分离白黎芦醇(99%), 从肉苁蓉acleoside（98%），从丹参中分离隐丹参酮（98.8%），从大黄中分离大黄素甲醚、芦荟大黄酸、大黄酸、大黄粉、大黄素（98%）, 从毛柳苷粗提物中纯化毛柳苷（98%）等。
二、分离蛋白质和多肽
高速逆流色谱装置用于分离制备蛋白质和多肽, 需要强极性并具有较高的粘度的溶剂系统, 为了获得合适的固定相保留值, 大部分都采用X型的CPC。目前, 聚合物双水相溶剂体系、新型的PCCC以及ICCC的出现和发展则为成功分离蛋白质和多肽提供了有利的条件。用高速逆流色谱分离的有卵白蛋白、乙醇脱氢酶（ADH）、乳酸脱氢酶（LDH）、DNA结合蛋白、脂蛋白、短杆菌肤、杆菌肤、粘菌素、缩胆囊素等。
分离抗生素
由于可以直接向高速逆流色谱中进粗品，抗生素的分析和制备分离也可采用。美国FDA及世界卫生组织也采用此项技术作为抗生素成分的分离检定。高速逆流色谱分离制备抗生素时，进样量通常为1mg—5g，溶剂系统一般采用疏水性体系。用高速逆流色谱分离的抗生素实例有环孢菌素、WAP—8249A、伊维菌素、螺旋霉素、子囊霉素及依罗霉素、道诺红菌素衍生物、普那霉素、放线菌素、杀念菌素、尼达霉素等。
分离手性化合物
随着高速逆流色谱技术的发展，其应用范围逐步拓展。已有用高速逆流色谱分离外消旋对映体手性化合物的报道。如已用于分离撷氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸等手性氨基酸对映体，也有报道从紫胶染料、喹啉黄、食品红等染料中分离手性化合物。随着高选择性的手性添加剂的发现，相信将有更多的手性物质通过高速逆流色谱拆分。
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