1、测定时间应据作物、生育期等不同而不同，同化箱内CO2浓度下降值宜在30@10-6~60@10-6。测定时间过短，CO2浓度降幅小，测试的稳定性差；时间过长，箱内温、湿度升高过多，膜上易产生雾滴；同时，CO2浓度过低，影响气孔活动而影响光合测试结果。
2、对于使用人工光源和需测定时间过长的测试时，可使用隔热水槽或使用一种能吸收红外线的特殊玻璃阻挡红外线，也可利用鼓风机强制降温，或接冷冻机将空气冷却调节，或将同化箱放在装有空调的小柜中以降低同化箱内的增温。
3、土壤微生物呼吸放出的CO2增加了光合仪测定的复杂性，解决的方法有两种：一是对茎基部没有分枝的植株可用薄膜覆盖土壤；二是不间断地同步测定土壤中释放的CO2，以修正群体CAP和CR值。具体做法是：剪去与同化箱底相同面积地表的植被，利用纱布遮荫的办法模拟群体基部受光程度，光合仪测定土壤呼吸释放的CO2。
4、用黑红两层布制作的布罩罩在同化箱上即可测定群体呼吸速率。
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