高效液相色谱仪色谱柱在色谱分析系统中主要起着分离物质的作用，是液相色谱的核心部件，同时也是损耗品。
样品中所含有的盐、脂质、疏水蛋白质和其它一些生物物质都有可能与色谱柱发生相互作用，一些保留值较小的物质如盐类比较容易被冲出色谱柱，而一些保留性较强的组分，流动相溶液不足以把这些物质洗脱下来，多次上样后，这些吸附在柱子表面的物质通常就会积累在柱头。当这些被吸附的样品成分累积到一定程度足以使之形成新的固定相而改变分离机理，以致样品保留时间会出现不一致，或者是拖尾现象。
1-堵头；2-柱头螺丝；3-刃环；4-聚四氟乙烯O形圈；5-多孔不锈钢烧结片；6-色谱柱管；7-色谱填料
为了延长色谱柱的使用寿命，上一篇文章已经提出，应在分析柱前连接一个保护柱。YMC专用保护柱是内径为1.0mm、2.1mm、3.0mm、4.0mm，长10mm或20的短柱，并且填充和分析柱相同的填料，可看作是分析柱的缩短形式，安装在分析柱前。（注：保护柱和分析柱的填料一定要保持一致，否则可能会出现峰形分叉等现象），其作用是收集、阻断来自进样器的机械和化学杂质，以保护和延长分析柱的使用寿命。一只1cm长的保护柱就能提供充分的保护作用。若选用较长的保护柱，可降低污染物进入分析柱的机会，但会引起谱带扩张。因此选择保护柱的原则是在满足分离要求的前提下，尽可能选择对分离样品保留低的短保护柱。
1-保护柱套；2-保护柱芯；3-PEEK标准通用接头；4-分析柱接头；5-连接六通进样阀接头
对硅胶基体的键合固定相，流动相的pH值建议保持在2.5～7.0之间。具有极端值的流动相会溶解硅胶，而使键合相流失。对于有机杂化硅胶基质的色谱柱，流动相的pH值可以拓宽至1-12，但是对于多重的极端条件，不建议长期使用，如pH1-12，同时水相的比例在90%-100%之间。
对普通反相C18 键合相柱，如YMC-Pack C18和YMC-Pack Pro C18除去柱中含有的缓冲溶液盐类或水溶性物质时，不应使用纯水冲洗。因为C18键合相像一条长链将硅胶黏结，当有有机溶剂存在时，其表面被流动相润湿，C18长链完全展开，像海水中的海藻一样。当纯水或缓冲溶液通过时，C18键合相与其不浸润，键合相表面会塌陷，从而将溶剂、样品分子或无机盐分子包合。此时仅用纯水无法将包合物洗脱出，应使用含5％有机溶剂的水溶液冲洗，才可清除无机盐或水溶性物质。对于YMC-Pack C18-AQ和YMC-Triart C18，因为做了特殊的处理和修饰，即便再100%水相，填料表面也不会干涸，仍然保持浸润状态，因此如果需要用到高水相的条件，建议选择合适的色谱柱。
硅胶、氧化铝或正相键合相柱，应保存在流动相中。氰基柱不能保存在纯有机溶剂(如甲醇或乙腈)中，应保留在欲使用的流动相中；氨基柱保存在乙腈中，而非流动相，并且应注意不可使用丙酮作流动相。C18反相柱应保存在纯甲醇溶剂中，对填充高交联度苯乙烯-二乙烯基苯共聚微球的非极性固定相也可用此法保存。
对使用时间较长、柱效逐渐下降的色谱柱，可用下述方法进行快速再生，以除去微量不洁杂质在柱头的聚积。
再生指导：色谱柱反接，不接检测器，用下面不同极性的试剂冲洗色谱柱，每种至少20倍的柱体积
反相（C30、C18、C8、C4、C1、Phenyl、PFP）
极性样品：Water, Methanol, THF, Methanol, water, phase
非极性样品：isopropanol, THF, Dichloromethane, Hexane, Isopropanol, phase
正相（Diol、amino、Silica、PVA-sil、cyano）
极性样品：Water Methanol THF Methanol Water phase
非极性样品：Chloroform, Methanol, Dichloromethane, Heptane or Isocyanate , Isopropanol, phase
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