在二氧化氯发生器中的二氧化氯极易溶于水，其分子的电十结构虽是不饱和状态，但在水中却基本上不与水发生化学反应，也不以二聚或多聚状态存在。出于二氧化氯在水中以中性分子存在．因而它能够迅速扩散到带有负电荷的菌、藻细胞表面．凭借其对细胞壁良好的吸附和穿透性能，渗透到细胞内部，通过强氧化作用破坏细胞中一定的功能性蛋白基团(如含筑基蛋白酶)，使细胞蛋白质的合成受到抑制，细胞正常代谢终支，从而使细菌、藻类zui终灭活。二氧化氯的杀菌作用与温度有关，温度越高，杀菌能力越大．这一优点弥补了因温度升高而使二氧化氯在水中溶解度下降的缺点。二氧化氯对细菌繁殖体有很强的杀灭作用。
在二氧化氯发生器中的二氧化氯可以杀灭存在于工业循环冷却水系统巾的异养菌、铁细菌、硫酸效还原菌、亚硝化菌及反硝化菌和决类等微物。其杀菌力强、药效持久、使用剂量低，杀菌力不受水中PH值影响，并且对球形棕囊藻有明显的抑制和杀灭作用。
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