制备型高效毛细管电泳仪分类有多种。
1、按分离原理可分：制备型高效毛细管色谱电泳仪、制备型高效毛细管区带电泳仪和制备型高效毛细管凝胶电泳仪等。
2、按有无载体可分：制备型高效毛细管载体电泳仪和制备型高效毛细管无载体电泳仪。
3、按电源控制可分：恒压制备型高效毛细管电泳仪、恒流制备型高效毛细管电泳仪和恒功率制备型高效毛细管电泳仪。
4、按进样自动性可分：手动进样制备型高效毛细管电泳仪和自动进样制备型高效毛细管电泳仪。
5、按分离对象的荷电性质可分：阴离子制备型高效毛细管电泳仪、阳离子制备型高效毛细管电泳仪和中性分子制备型高效毛细管电泳仪。
6、按用途可分：生物电泳仪、制药电泳仪、化工电泳仪、食品电泳仪、蛋白质电泳仪、氨基酸电泳仪、抗生素电泳仪和维生素电泳仪等。
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