全自动毛细管电泳仪分类有多种。
1、按分离目的可分：实验室全自动毛细管电泳仪和工业全自动毛细管电泳仪。
2、按分离对象的离子属性可分：无机离子全自动毛细管电泳仪和有机离子全自动毛细管电泳仪。
3、按作用可分：全自动毛细管定量分析电泳仪和全自动毛细管定性分析电泳仪。
4、按分离原理可分：全自动毛细管色谱电泳仪、全自动毛细管区带电泳仪和全自动毛细管凝胶电泳仪等。
5、按分离特征可分：高效全自动毛细管电泳仪、高选择性全自动毛细管电泳仪、高灵敏度全自动毛细管电泳仪和高分离度全自动毛细管电泳仪。
6、按用途可分：生物全自动毛细管电泳仪、制药全自动毛细管电泳仪、化工全自动毛细管电泳仪、食品全自动毛细管电泳仪、蛋白质全自动毛细管电泳仪、多肽全自动毛细管电泳仪、氨基酸全自动毛细管电泳仪和核酸全自动毛细管电泳仪等
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