SSR简单序列重复标记可以用于:用微卫星区域特定顺序设计成对引物,通过PCR技术,经聚丙烯酰胺凝胶电泳,即可显示SSR位点在不同个体间的多态性。
实验方法原理 | 与其它分子标记相比,SSR标记具有以下优点:(1)数量丰富,覆盖整个基因组,揭示的多态性高;(2)具有多等位基因的特性,提供的信息量高;(3)以 孟德尔方式遗传,呈共显性;(4)每个位点由设计的引物顺序决定,便于不同的实验室相互交流合作开发引物。因而目前该技术已广泛用于遗传图谱的构建〔11,12,18,19,33〕、目标基因的标定〔8,9,21,22,26〕、指纹图〔22〕的绘制等研究中。但应看到,SSR标记的建立首先要对微卫星侧翼序列进行克隆、测序、人工设计合成引物以及标记的定位、作图等基础性研究,因而其开发费用相当高,各个实验室必须进行合作才能开发更多的标记。由于SSR标记具有较大的应用价值,且种属特异性较强,目前在一些主要的农作物中SSR标记研究都进行了合作,共同进行STMS引物的开发。 |
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实验材料 | |
试剂、试剂盒 | |
仪器、耗材 | |
实验步骤 | 取叶片→磨样→提取DNA→PCR扩增→电泳检测→染色→读带标记。 1、DNA提取 按照Doyle和Dickson(1987)CTAB法(`Cetyl triethyl ammonium bromide)并略加改进的程序进行,具体步骤如下: ① 成熟期取叶片加液氮研磨成粉末状,转入1.5ml离心管中,-20℃冰箱保存; ② 加入600μl 65℃的2×CTAB混匀并置于65℃水浴中保温30-60分钟; ③ 取出,冷却,上下摇匀后,加入600微升24:1的氯仿异戊醇; ④ 12000转/分钟离心10分钟,取上清液于另一个1.5ml的离心管中; ⑤ 加异丙醇,12000转/分钟离心10分钟,倒掉上清液; ⑥ 干后用100%的洒精清洗,干后加适量TE。2、PCR扩增 模板DNA的浓度大约25ng/μl,扩增反应体系为20μl。具体如下: Sterile ddH2O 11μl PCR Buffer 3μl dNTP-mix 0.5μl Primer1 1μl Primer2 1μl Taq polymerase 0.5ul(2U/μl) DNA 3μl PCR扩增程序为:(2h30min) ① 预变性:94℃,5分钟; ② 变 性:94℃,40秒; ③ 退 火:55℃ 40秒; ④ 延 伸:72℃,1分钟; ⑤ 循 环:从2到4共38个循环; ⑥ 72℃下最后延伸5分钟;4℃ 5min,扩增产物置于4℃的冰箱保存。3、扩增产物的电泳分离 制胶→灌胶→上样→电泳。 扩增产物用8%的聚丙烯酰胺变性胶电泳分离,步骤如下: ① 准备电极液(1×TBE); ② 将梳子拨出,并迅速用电极液冲洗胶面; ③ 不预电泳; ④ 点样,电泳220V; ⑤ 拆板,并及时将内板、边条及梳子洗净。 4、凝胶染色 ① 固定:10%醋酸,5分钟; ② 染色:10分钟; ③ 漂洗:dH2O,5-10秒; ④ 显色:甲醛-NaOH,直到满意为止; ⑤ 漂洗:dH2O,2分钟。 5、自封带封胶,读带标记,数码照相摄像,室温风干。 收起 |
其他 | 1、优点: (1)标记数量丰富,具有较多的等位变异,广泛分布于各条染色体上; (2)是共显性标记,呈孟德尔遗传; (3)技术重复性好,易于操作,结果可靠。 2、缺点: 开发此类标记需要预先得知标记两端的序列信息,而且引物合成费用较高。 |