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合理采取相应标本，如尿液、脓汁、胆汁、分泌物或血液等，以直接涂片进行初步检查。分离培养后，挑取可疑菌落，进行涂片、染色、镜检、触酶试验、胆汁七叶苷试验和6.5%NaCl耐受试验，可鉴定到属。如鉴定到种还需进行必要的生化试验。对具有临床意义的肠球菌应进行体外药敏试验，一般要测试对β-内酰胺类尤其是青霉素类（如青霉素、氨苄西林）、万古霉素和氨基糖甙类（如庆大霉素）的敏感性，耐万古霉素肠球菌（VRE）国外检出率较国内高。
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