玉米种子发芽率的高低是衡量玉米种子质量的一个重要指标，也是影响田间出苗的一个重要因素。种子的发芽率受两个方面的影响，分别是内在以及外在因素的影响，内在因素包括种子成熟度、种子含水量、药害、机械损伤等，而外界的环境因素主要有光照强度、温湿度、土壤含水量、土壤紧实度等几个方面的影响。种子的外界因素可以使用种子发芽箱来进行实验，通过他来进行能够避免光照强度以及温湿度等因素的破坏。

种子的内部因素是如何影响种子的发芽率的，以及该如何来将内部因素的影响降至最低？玉米种子发芽率与种子成熟度呈正相关，成熟度好，发芽率和发芽势高。种子的成熟与未成熟之间的差异，可以使种子的颗粒大小有所差别，通过鼓风式净度仪调节分离尽量将两者分离，减少因为成熟对种子发芽率的影响。同时这一点也可以通过使用种子的饱满度来进行衡量的，种子饱满度的检测室通过千粒重来进行实验的，种子千粒重的测量过程中需要使用到种子数粒仪以及不同精度的天平来进行试验的。

种子水分是影响发芽率的主要因素。在收获后的晾晒过程中，随着气温的变化易发生高温霉变。当种子的水分含量越高的时候，玉米堆的温度上升得越快到，随着堆放的时间延长，玉米将会完全丧失生命力，这一点要注意玉米收获之后的存放以及晾晒。

机械脱粒对种子造成的损伤因品种而异，脱粒时对水分要求也不同。含水量过高或过低，脱粒时都易伤到籽粒胚部造成畸形苗的增加，影响种子发芽率。因此在种子脱粒的过程中，可以通过种子含水量的控制来进行降低机械脱离对种子的伤害，提高种子的发芽率。