第一，ELISA试剂盒目前国际上商用的试剂盒虽然能提取到土壤中微生物的DNA，但由于破碎方法采用玻璃珠或者钢珠破碎，导致基因组断裂严重，影响DNA质量；
第二，由于必须购买破碎专用的破碎机或振荡器，增加其使用成本；
第三，其试剂盒为了保证DNA纯度，采用了包括玻璃奶、离心吸附柱串联的纯化方式，导致了DNA大量的损失，得率很低，很难真正反映出土壤中微生物的多样性。
农药、除草剂、各种污染物、人工合成物等异生物质，对环境和土壤微生物的多样性、种群变化产生明显影响；转基因作物是否发生土壤基因转移的检测，转基因作物的安全性评价等方面的研究，都需要准确的提取高质量的DNA进行检测。
ELISA试剂盒土壤中可培养的微生物可能不及所有微生物总数的0.3%，常规提取DNA的方法很难提取到DNA，很难把土壤中的腐殖酸去除干净，而微量的腐殖酸就可能导致PCR失败。
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