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先找到分子离子峰（一般为质荷比最大的质谱峰），再结合其同位素峰及碎片峰证和推断的经质量分开后，到被并记录下来，经处理后以质谱图的形式表示出来图中，表示离子的质荷比（m/z）值，从左到右质荷比的值增大，对于带有单电荷的离子，横坐标表示的数值即为离子的；表示离子流的，通常用来表示，即把最强的离子流强度定为100%，其它离子流的强度以其表示，有时也以所有被记录离子的总离子流强度作为100%，各种离子以其所占的百分数来表示化合物结构。
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