等电聚焦电泳色谱仪是利用蛋白质分子或其它两性分子的等电点不同，在一个稳定、连续和线性的pH梯度中进行分离。等电聚焦是在电泳介质中放入载体两性电解质，当通以直流电时，载体两性电解质形成一个由阳极到阴极逐步增加的pH梯度，不同的蛋白质移动到其相当的等电点位置上，聚焦于一个狭窄区带中的过程。
一、影响等电聚焦电泳分离容量的因素：
1、聚焦后每一区带的蛋白质的量取决于密度梯度所能支持的蛋白质，提高密度可提高分离容量。
2、分离容量与区带宽度的平方成正比，降低电压可使区带变宽，提高容量，但分辨率会降低，聚焦时间长。用窄的pH梯度范围可使区带变宽，提高分辨率。
3、分离容量与柱的横载面成正比。
二、注意事项：
1、大量提纯蛋白质，应预先初步提纯。有些物质（如核酸）聚焦时会沉淀，应预先除去。
2、蛋白质应不含盐。因盐浓度高，电流大，易发热，而且盐离子迁移到两极会产生酸碱，占据分离的有效部位。
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