毛细管电泳色谱仪简称毛细管电泳仪（CE），是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用带电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，是分析科学继液相色谱仪之后的又一重大进展，使分析科学从微升级进入到了纳升级水平，在药物分析中具有极大的发展潜力。

一、手性化合物分离：

大量研究表明，生命活动与生物分子的手性密切相关，构成生物体的基本物质如氨基酸都是L型，糖类化合物都是D型。在很多手性药物中，其中一个映体具有明显的药理作用，另一个则可能低效或无效甚至可能有毒副作用。而CE特别适合手性化合物的分离和研究。

CE手性分离一般通过添加手性选择剂，在电泳液中提供一定的手性环境，根据对映体与选择剂之间的相互作用不同达到分离。手性选择剂有冠醚、胆盐、表面活性剂、多肽和环糊精等。CE手性分离大多采用UVD和LIFD，其它还有MS等。

二、药物分析：

化学药品结构简单、清楚，常规分析方法基本能解决定性、定量和纯度控制等问题。但有些结构特异（如手性对映体结构）和性质特殊的品种，现代分析手段从灵敏度、分辨率和分析速度等方面仍有一些难点，CE的特点恰恰弥补和解决了某些分析手段的不足。中药品种繁多，药材产地各异，成分复杂，无论是药材还是成药的分析，都是一项非常艰难的任务。虽然中药分析用现代化仪器和科技手段（如HPLC等）取得了巨大进展和成就，但往往只是对药材和成药的成百上千个成分中的一个或几个成分进行分析，实际上只是一种象征性分析，与起化学和药理效应的实际组合成分（起码是有效成分）相比，仍有相当大的距离。随着CE对中药材及其有效成分的鉴别和分析的快速发展，建立在此基础上的中成药成分的定性和定量分析已有进展，有希望能解决长期困扰中药质量控制中的重大难题。

CE给药物分析、药物筛选、药理研究和药品检验等带来了生机与活力，尤其对基因工程药物分析、中成药复方制剂分析和中药材种属鉴定，令人瞩目。当然，CE还是有不足，如有的药物用CE分析度不够高，重现性不高；有的灵敏度很高，但专属性界定尺度又不易掌握，这都需要不断研究解决。另外，对药物动力学的研究已引起了广泛重视。