染色体可以在光学显微镜看到，但在观测时需将染色体染色，要选用真核细胞以及所选取的细胞是处于分裂期的，而用于染色的染料会杀死细胞，所以在光学镜下看到的是死细菌。
光学显微镜观察染色体流程：
可以使用龙胆紫溶液或醋酸洋红溶液等碱性染色剂.龙胆紫，其1～2%溶液俗称紫药水，是人们所熟悉的外用药。龙胆紫为一种碱性阳离子染料，因其阳离子能与细菌蛋白质的羧基结合，影响其代谢而产生抑菌作用。它能抑制革兰氏阳性菌，特别是葡萄球菌、白喉杆菌，对白色念珠菌也有较好的抗菌作用。它杀菌力强，对组织没有刺激性，也没有毒性和副作用。
染色质(体)容易被碱性染料染成深色。实验中对染色质(体)进行染色，须使用龙胆紫溶液或醋酸洋红溶液等碱性染色剂，这些染色剂是以龙胆紫或醋酸洋红溶解于醋酸溶液中制得，配制后的龙胆紫溶液pH值约小于7(呈酸性)。
酸性(碱性)染色剂的界定并非由染料溶液的pH值决定的，而是根据染料物质中助色基团电离后所带的电荷来决定。一般来说，助色基团带正电荷的染色剂为碱性染色剂，反之则为酸性染色剂。
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