气相色谱仪的分析对象是在柱温下具有一定挥发性和热稳定的物质，因此它只限于沸点＜500℃、热稳定性好和相对分子量＜400的化合物或挥发性的衍生物。而液相色谱仪由于以液体作为流动相，只要被分析物质在选用的流动相中有一定的溶解度，便可以分析，因此适用性广，不受样品挥发性和热稳定性的限制，特别适合分析沸点高、极性强和热稳定性差的物质。
气相色谱中的流动相是惰性的，对组分没有作用力，仅起运载作用。而液相色谱的流动相不仅起运载作用，而且流动相对组分有一定亲和力，可通过改变流动相种类类和组成提高分离的选择性，另外可作流动相的化合物多，选择余地大。
液相色谱的样品收集比较容易，只要将开口容器放在色谱柱末端，就可以很容易地将所分离的各组分收集。回收是定量的，可用来提纯和制备具有足够纯度的单一物质。
液相色谱的不足是目前检测器的灵敏度不及气相色谱。必须特别注意柱外效应对柱效率和色谱分离的影响。
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