毛细管电泳仪（HPCE），是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度和分配系数的差异进行分离，是分析科学继液相色谱仪（HPLC）之后的又一重大进展，使分析科学从微升级进入到纳升级水平。毛细管电泳仪与液相色谱仪的结构性能比较如下：
一、分离过程相同：
HPCE与HPLC都是一种液相分离分析技术，都是差速迁移过程，可用相同的理论来描述，如保留值、塔板理论和速率理论等。
二、分离原理不同：
HPCE是带电粒子在电场中发生定向移动，依据粒子所带电荷数、形状和离解度等不同所产生的差速迁移而分离。
HPLC是依据不同组分在两相中分配系数的不同而分离。
三、仪器流程基本相同：
HPCE与HPLC都包括进样装置、分离柱、检测器和数据记录处理等。
四、应用相互补充：
HPCE在生物大分子分离方面，在分析速度和效率、样品和试剂用量方面有优势，但在样品制备、定性和定量重复性等方面不及HPLC。
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